home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00588 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  41 lines
  1. *************************************
  2. * Ribosomal protein L30e signatures *
  3. *************************************
  4.  
  5. A number of eukaryotic  and  archaebacterial ribosomal proteins can be grouped
  6. on the basis of sequence similarities. One of these families consists of:
  7.  
  8.  - Mammalian ribosomal protein L30 [1].
  9.  - Yeast ribosomal protein YL32 [2].
  10.  - Thermococcus celer ribosomal protein L30 [3].
  11.  - A probable ribosomal protein (ORF 1) from Methanococcus vannielii [4].
  12.  - A probable ribosomal protein (ORF 104) from Sulfolobus acidocaldarius [5].
  13.  
  14. These proteins have 101 to 114 amino-acid residues. As signature patterns,  we
  15. selected  two conserved regions; one located  in  the  N-terminal  region, the
  16. other in the C-terminal.
  17.  
  18. -Consensus pattern: G-x(4)-G-x-[KR]-x(2)-[LIVM]-[KQ]-x(2)-[KR]-x-G-x(2)-K-x-
  19.                     [LIVM](3)
  20. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  22.  
  23. -Consensus pattern: E-L-G-[STA]-x(2)-G-[KR]-x(3)-V-x(2)-[LIVM]-x-[LIVM](2)-
  24.                     [DE]-x-G
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27.  
  28. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  29.  
  30. [ 1] Nakanishi O., Oyanagi M., Kuwano Y., Tanaka T., Nakayama T., Mitsui H.,
  31.      Nabeshima Y., Ogata K.
  32.      Gene 35:289-296(1985).
  33. [ 2] Dabeva M.D., Warner J.R.
  34.      J. Biol. Chem. 262:16055-16059(1987).
  35. [ 3] Klenk H.-P., Schwass V., Zillig W.
  36.      Nucleic Acids Res. 19:6047-6047(1991).
  37. [ 4] Lechner K., Heller G., Boeck A.
  38.      J. Mol. Evol. 29:20-27(1989).
  39. [ 5] Puehler G., Lottspeich F., Zillig W.
  40.      Nucleic Acids Res. 17:4517-4534(1989).
  41.